复旦大学人类学民族学研究所是以现有的复旦-哈佛医学人类学合作研究中心和复旦大学民族研究中心为基础，下设有硕士点和博士点。

通过与哈佛大学、华盛顿大学以及其他欧美亚著名高校相关机构和学科的全面合作，争取在边疆民族地区发展与国家综合安全、环境与发展人类学、医学人类学、商业与技术人类学等领域取得开拓性和创新性的成果。同时，人类学民族学研究所也将整合复旦大学校内各种学术与人才资源，推动国内各相关研究和教学单位的横向交流与合作，打造具有复旦特色的人类学和民族学研究平台。

研究所由潘天舒担任所长，朱剑峰任副所长，另有多名海外顾问。